כל אדם ששילם מס הכנסה ביתר במהלך השנה זכאי להחזר מס. סכום המס נבדק בסוף שנת המס ואז נבחן סך המס ששילם האדם בפועל לעומת המס שהאדם היה צריך לשלם.

החזרי המס נובעים בעיקר מכך שברמה החודשית, ניכוי המס במקור על ידי המעביד לא תואם את ההכנסה השנתית של העובד. חוסר התאמה זה נובע בעיקר אצל עובדים שכירים וזאת בשל אי רציפות בעבודה או בשל אי הצהרה או טעויות בסעיפי הניכוי והפטור השונים להם זכאי העובד.

מס הכנסה מפרסם מדי שנה את רשימת הפטורים, הניכויים נקודות הזיכוי והזיכויים ממס לאותה שנת מס. על בסיס רשימה זו  ניתן לבדוק ולדעת את סכום החזר המס המגיע לפני הגשת הדו"ח למס הכנסה.

המקרים הנפוצים בהם מגיע לשכיר החזר מס הם:

1. עבודה חלקית במהלך השנה (עקב אבטלה, חופשה ללא תשלום, חילופי עבודות ומקרים נוספים של עבודות חלקיות).
2. החלפת מקום עבודה או מעביד במהלך השנה, ללא ביצוע תיאום מס.
3. עבודה בחו"ל במקביל לעבודה בישראל במהלך השנה.
4. בעיות רפואיות של העובד או בני משפחתו.
5. שינוי בסטטוס האישי כגון: נישואים, לידת ילד, גירושים, תשלום מזונות וכו'.
6. מעבר לאזור עדיפות לאומית (ערי פיתוח, גליל, רמת הגולן, נגב וכו').
7. עולים חדשים במשך שלוש השנים הראשונות בארץ זכאיים להחזרי מס.
8. חיילים משוחררים במשך שנתיים מיום סיום שירות החובה שלהם.
9. הפקדות לקרן פנסיה, קופת גמל, בטוח חיים באופן עצמאי, בגין משכורת ללא סוציאליות.
10. מי שסיים תואר ראשון או קיבל תעודת הוראה החל משנת 2005.
11. מי שמשקיע בשוק ההון
12. פנסיונרים
13. מי שתרם מעל 190 ש"ח למוסדות מוכרים .

לא, מס הכנסה מפרסם מדי שנה את רשימת הפטורים, הניכויים נקודות הזיכוי והזיכויים ממס לאותה שנת מס. רשימה זו היא הבסיס לחישוב המס השנתי.מס הכנסה לרוב גם לא דורש משכירים כי יגישו דו"ח שנתי למס הכנסה ומסתפק בבדיקה מדגמית.

ההתיישנות ומגבלת הזמן על הגשת דו"חות למס הכנסה וקבלת החזרי מס מוגבלת הינה של עד 6 שנים מתום שנת המס לגביה הוגש דו"ח על הכנסות. כלומר, בשנת 2022 ניתן יהיה לקבל החזר מס בגין שנת המס 2016 ואילך, ולא בגין שנים מוקדמות יותר.

פקודת מס הכנסה קובעת כי החזר המס יהיה צמוד למדד ונושא ריבית שנתית בשיעור 4% וזאת מחודש ינואר שלאחר שנת המס האמורה. הריבית והפרשי ההצמדה פטורים ממס.

כלומר מי שזכאי לקבל החזר מס יהנה גם מריבית והצמדה על החזרי המס, כמעין תוכנית חיסכון אשר פטורה ממס.

אומנם כל שקל חשוב ומס הכנסה חייב לטפל על פי חוק בכל דו"ח שמוגש לו ולהחזיר כל סכום, אך יש לציין כי החזר לשנה אחת בסכום של מאה שקלים לצורך ההמחשה, יהיה כנראה לא כלכלי לביצוע לנוכח הזמן וההשקעה בהכנת הדו"ח.

חישוב חבות המס הינו שנתי ומבוסס על הכנסה ממשכורת, הכנסות עבודה או חלופותיהן והכנסות אחרות שהתקבלו באותה שנה, ולכן לא ניתן להעביר הכנסות בין שנות המס השונות.

החוק קובע כי החזר מס יבוצע תוך 90 יום או עד 31 ביולי בשנת המס שלאחר שנת המס אשר לגביה הוגש הדו"ח, לפי התאריך המאוחר שבהם.לעיתים בדיקת הדו"ח מתעכבת אף מעבר לכך אולם חשוב להזכיר כי  מס הכנסה משלם ריבית בשיעור של 4% והצמדה על החזרי המס עד למועד ההחזר בפועל.

החזר המס מתבצע ישירות לחשבון הבנק של מגיש הדו"ח. פרטי חשבון הבנק נמסרים ביחד עם הדו"ח ולכן מומלץ לוודא כי הפרטים המופיעים בדו"ח הינם פרטים נכונים ומדויקים.